Le prime attestazioni circa esecuzioni musicali durante le celebrazioni liturgiche nella Chiesa Prepositurale di Gorgonzola risalgono al 1605, anno in cui, negli atti della visita pastorale del Card. Federigo Borromeo, viene citata la presenza di un organo. Per avere il primo nome dobbiamo arrivare al 1688: dagli atti di un'altra visita pastorale sappiamo che l'organista, pagato dal comune, era il canonico Francesco Antonio Pyssina. Non è stato possibile riscontrare, dai documenti conservati  presso l'Archivio Parrocchiale, se già nel XVII secolo fosse attivo un coro ma è verosimile credere che i canonici si occupassero anche del canto, non a caso l'organista era un canonico.

La prima testimonianza della presenza di musicisti (che non fossero organisti) si ha nel 1758. In occasione della festa del paese, celebrata la prima domenica d'ottobre, solennità della Madonna del Rosario, i registri cassa documentano il pagamento per la Sinfonia. Con questo nome, nel XVIII Secolo, a Milano e nel milanese si indicava la compagine strumentale che interveniva, insieme ai cantori e all'organista, durante le celebrazioni liturgiche. Questa prassi, attestata nella Milano della metà del '700, sebbene fosse normativamente proibita dalle direttive rubricali del Rito ambrosiano, veniva tacitamente approvata dal clero, che si preoccupava di ingaggiare compagini strumentali sempre più ricche per solennizzare certe Liturgie.

Quando nelle maggiori Basiliche milanesi si allestiva una Sinfonia molto spesso si affidava l'incombenza a Giovanni Battista Sammartini (1700 - 1775), maestro di Cappella di metà Chiese di Milano - come ricorderà Burney nel 1770 - e direttore della Cappella musicale, con annessa orchestra, della Perinsigne Basilica di S. Ambrogio. Lo stesso Sammartini si occupava della musica a casa Serbelloni, nel palazzo milanese di Corso di Porta Orientale (ora Corso Venezia) ma anche in quello di villeggiatura di Gorgonzola, dove infatti nel 1762 troviamo la figlia del compositore schiaffeggiata dalla duchessa Maria Vittoria Serbelloni perchè voleva tornare anzitempo a Milano. Sappiamo, inoltre, che i feudatari avevano molto a cuore il decoro della chiesa principale del loro feudo: non solo nella seconda metà del XVIII secolo si prodigarono per una ristrutturazione e per l'edificazione del loro mausoleo ma, negli ultimi anni sessanta, commissionarono all'organaro milanese Antonio Fontana un organo enarmonico da collocarsi proprio nella prepositurale (ne parla il celeberrimo organaro bergamasco Giuseppe Serassi nelle sule Lettere sugli organi del 1816). Le testimonianze di pagamenti indirizzati a musicisti si riscontrano per quasi tutti gli anni '60 del '700 (oltre non è dato sapere per mancanza di documentazione archivistica). 

Nel 1761, ad esempio, non si parla più di Sinfonia ma di Oboii però la presenza dei musicisti non è più limitata alla sola festa del paese: li si ritrova in alcune solennità del periodo tra la domenica della SS. Trinità (primi di giugno) e la dedicazione della Prepositurale (terza di ottobre), lasso di tempo che coincideva con la permanenza gorgonzolese dei Serbelloni. Il moltiplicarsi di Messe in musica con Sinfonia ci potrebbe indicare che la Cappella musicale della Chiesa prepositurale, dopo esser stata avviata magari con l'aiuto di rinforzi giunti dal capoluogo, poteva muoversi autonomamente con, magari, strumentisti e cantori locali. Purtroppo la documentazione archivistica per la seconda metà del Settecento risulta lacunosa: qualche documento si è conservato solo per gli anni '90 del XVIII Secolo, ma le uniche spese musicali registrate sono a favore del solo organista.

Evento saliente della prima metà del XIX secolo è l'edificazione, tra il 1806 e il 1820, della nuova chiesa che sostituisce l'ormai decadente tempio del IX secolo. La domenica della SS. Trinità del 1806 si procede alla posa della prima pietra per il nuovo tempio e, in quell'occasione, Menni, il presidente della Fabbriceria dell'erigenda prepositurale annota, sul libro mastro dei conti, che la messa è stata animata con molta, e scelta musica. Parlare  di "musica" nella prima metà dell'Ottocento, in area milanese, ha un significato ben preciso che non si limita al generico "musica". Come abbiamo infatti visto che nel Settecento Sinfonia implicava che intervenissero anche degli strumentisti, nella prima metà dell'Ottocento la Messa in musica era un particolare tipo di Messa cantata in cui il proprio e l'ordinario erano eseguiti non in canto fermo ma con brani di stile libero dalla Cappella musicale. A quest'altezza potrebbe essere improbabile che oltre ai cantori siano intervenuti anche degli strumentisti, visto che a Milano gli strumenti diversi dall'organo erano stati estromessi un'altra volta dalle Chiese di Rito ambrosiano, ma non si può escludere che per l'occasione così solenne sia stato fatto uno strappo alla regola.  Personaggio eminente, e purtroppo dimenticato dai suoi concittadini, è il maestro di cappella di quegli anni, il gorgonzolese Giovanni Bianchi (1758 - 1829).  Alla morte di Giovanni Bianchi gli successe il figlio Giuseppe (1830) e poi Emilio Deponti (1851) il quale, dagli anni '70, era pagato anche per dirigere il coro. Dopo la morte dei Bianchi si attestano pagamenti alla Filarmonica di Gorgonzola solamente in occasione della processione eucaristica del Corpus Domini (probabilmente trattavasi della banda). Col XX secolo le attestazioni di musica strumentale non organistica cessano del tutto, vanno però ricordate due eminenti figure quali gli organisti Emilio Cavenaghi (1878 - 1964) e Daniele Maffeis (1900 - 1966) che si avvicendarono alla consolle del nuovo organo costruito da Giovanni Bressani nel 1910.

Dopo quasi un secolo e mezzo di inattività, Matteo Marni, attuale organista titolare della Chiesa Prepositurale di Gorgonzola, ha deciso di costituire, sul modello settecentesco, un gruppo stabile che si occupasse anche dell'animazione liturgica di alcune celebrazioni importanti presso la Prepositurale di Gorgonzola: è nata così, nel novembre 2009, la Cappella Musicale di Gorgonzola.